真菌是多型性的生物。它是以吸收水分和养料进行营养增殖的菌体，由简单到复杂，一般可分为原质团、单细胞、假菌丝、两型菌丝和菌丝体。菌丝体是常见的典型性营养体，由微小的丝状物构成，它在基物上向一个方向分枝、延伸以便获取养料。 菌丝细胞的四周包有透明的薄膜。细胞壁的里面充满原生质体以及浸没在原生质体中的各种细胞器。细胞壁为多层薄片结构，主要化学成分是多糖，另外含有蛋白质、类脂以及其他物质。在多数真菌的细胞壁中最具特征性的是甲壳质，其次是纤维素。细胞壁的内侧是由蛋白质和类脂组成的连续结构质膜。位于质膜与细胞壁之间的须边体，在真菌中也比在其他生物中更为常见。
在质膜包裹着的细胞质中，常见的真菌细胞器有：细胞核、线粒体、微体、核糖体、液泡、溶酶体、泡囊、内质网、微管、鞭毛等；常见的内含物有肝糖、晶体、脂体等；沃罗宁体和脂体做超薄切片不易看见，而是实际上存在的一层薄膜。细胞核有核膜、核膜为双层结构，并具有特征性的核膜孔。细胞核常含有一个大部分为RNA所组成的核仁，当核分裂时，核仁有时消失。高尔基器在真菌中不经常出现，至少不以典型的形式出现。 大多数丝状真菌的原生质是由横隔膜隔开的，这种隔膜叫做分隔或隔膜。低等丝状真菌的隔膜在繁殖器官的基部形成，繁茂的生长菌丝无隔多核或是无隔。如果菌丝变老时，隔膜可随处形成。菌丝死亡时，原生质就移向生长点，随即形成隔膜，将死的部分与活的部分分开，因此，真菌的原生质不死。
隔膜是由菌丝内壁向内生长而成，有的继续生长，直至变成完整的隔片（封闭隔）；有的发育不全，常留有一个孔（单孔隔）或多个孔（多孔隔），容许包括细胞核在内的一切细胞器通过，菌丝细胞变老或受伤时，旁边的伏鲁宁体和蛋白质晶体便可进行堵塞。多数担子菌的隔膜有一中心孔，孔的边缘膨大使中心孔成为琵琶桶状的特殊结构，外面覆盖一层弧形的膜，即为桶孔覆垫，覆垫有孔或管，由内质网形成。这种隔膜称为桶孔隔膜。真菌隔膜的形态、结构、功能和性质涉及真菌核移机制和真菌细胞的基本概念，并可能有助于系统发育学说的发展。 常见的密丝组织有长轴组织和拟薄壁组织两种类型：前者颇为疏松，构成此种组织的菌丝大致平行排列，其典型的长形细胞容易识别；后者排列紧密，常是等径或卵形，类似管束植物的薄壁细胞。这两种组织构成许多真菌不同类型的营养结构，如菌索、菌核和子座等。
菌索是由菌丝体平行排列组成的长形索状物，周围有外皮，尖端为生长点，有帮助真菌运送物质和蔓延侵染的功能，而在不适环境下呈休眠状态。菌核是坚硬的、能抵抗不良环境的休眠体，外壁由深色厚壁细胞构成，内层为浅色拟薄壁细胞。不同的真菌形成不同的菌核（如药用的茯苓、猪苓、雷丸和麦角等）。它可以长期休眠，在适宜条件下重新萌发，产生子实体、菌丝和分生孢子。子座是坚实的营养结构，有时由菌丝和寄主组织混合构成，它很像座垫或床座，常常在座上或座中形成子实体。