一、查办套取国家专项资金案件，应当坚持全面理解国家专项资金政策，统一正确适用法律;坚持准确划分责任，体现区别对待，贯彻宽严相济;坚持严格把握、慎重处理，重点惩治国家机关工作人员的严重失职渎职犯罪和重大诈骗犯罪。
二、套取国家专项资金的使用人不符合国家专项资金政策的基本条件，在申报过程中以非法占有为目的，严重弄虚作假，虚构并不存在的企业或项目，伪造关键性申报材料，符合诈骗罪构成要件的，应当对使用人以诈骗罪定罪处罚。
三、套取国家专项资金使用人的申报项目符合国家专项资金政策的基本条件，但在申报过程中夸大实际情况，伪造或提供了个别非关键性虚假申报材料，套取的国家专项资金部分被用于企业弥补损失，或者用于转产、更新设备、生产经营的，对使用人一般不宜按诈骗罪定罪处罚。
套取国家专项资金的使用人在申报过程中向国家机关工作人员行贿，伪造国家机关公文证件印章，情节严重的,应当对使用人分别以行贿罪、伪造国家机关公文证件印章罪定罪处罚。
符合国家专项资金政策的基本条件是指申报的项目真实合法存在，类别、性质、科目符合国家专项资金政策的基本要求，但在数量规模和时间等要求上存在有不完全真实的成分和情形。
四、在套取国家专项资金过程中负有直接审核职责的国家机关工作人员起主要作用，积极支持、参与帮助资金使用人弄虚作假，并对套取的国家专项资金进行私分，非法占为己有的，无论资金使用人是否构成犯罪，均以贪污罪追究相关国家机关工作人员刑事责任。国家机关工作人员本人系资金直接使用人，符合贪污罪构成要件的按贪污罪定罪处罚。套取国家专项资金的使用人涉嫌诈骗等犯罪，国家机关工作人员在审核a资金使用人提供的材料时明知或应当明知条件虚构，仍予以纵容、帮助或者不认真履行职责，严重不负责任没有审查出相关材料虚假而使国家专项资金被骗取的，应当分别以滥用职权罪、玩忽职守罪追究相关国家机关工作人员刑事责任。收受贿赂，构成受贿罪的数罪并罚。
五、在办理套取国家专项资金案件中要注意准确把握政策，正确划分责任，区别对待，注重效果。追究刑事责任要慎重，对于在审核工作中没有收受贿赂徇、私舞弊情节，没有造成特别严重后果的国家机关工作人员，可以移交纪检监察部门给予党政纪处理，对于套取国家专项资金的使用人由于政策规定不够明确对申报项目是否符合政策要求认识模糊，且所申报项目客观上符合国家专项资金政策部分条件的，一般不应追究其刑事责任。